La ciudad fue fundada en el siglo XIII por colonos eslavos procedentes de Rügen. Durante los años siguientes llegaron comerciantes alemanes y la ciudad comenzó a prosperar. Esto molestó a la poderosa ciudad de Lübeck, la cual incendió Stralsund en 1249. Más tarde sería reconstruida y rodeada por una sólida muralla con 11 puertas y 30 torres de vigía.
En 1293, Stralsund se convirtió en miembro de la Liga Hanseática y, por consiguiente, aliada de Lübeck; 300 barcos surcarían el Báltico portando la bandera de Stralsund en el siglo XIV. La rivalidad entre la Liga Hanseática y el reino de Dinamarca condujo a una guerra abierta que terminó con el Tratado de Stralsund en 1370.
Al igual que el resto de la antigua RDA, Stralsund ha tenido problemas para acoplarse al sistema de la RFA. Sin embargo, la ciudad destaca por ser una de las que mejor ha sabido adaptarse a la Nueva Economía aprovechando las constantes subvenciones del gobierno federal y de la Unión Europea (UE).
Junto con la ciudad de Wismar fue declarada Patrimonio de la Humanidad por la Unesco en el 2002, en el conjunto llamado Centros históricos de Stralsund y Wismar,[3] justificándose porque Wismar y Stralsund eran los centros líderes de la sección véndica de la Liga Hanseática desde el siglo XIII al XV y centros administrativos y de defensa principales en el reino sueco de los siglos XVII y XVIII. Contribuyeron al desarrollo y la difusión de las técnicas de construcción en ladrillo y tipos de edificación, rasgos característicos de las ciudades hanseáticas en la región del Báltico, así como al desarrollo de sistemas de defensa en el período sueco.
Además, Stralsund y Wismar tienen una importancia crucial en el desarrollo de las técnicas de construcción y urbanismo que se hicieron típicos de las ciudades comerciales hanseáticas, bien documentadas en las principales iglesias parroquiales, el Ayuntamiento de Stralsund y los tipos de edificios comerciales como la Dielenhaus.[4] Se protegen dos lugares:
