Diplômé de l'école royale militaire, et ami personnel d'Adrien de Gerlache de Gomery, il intégra naturellement l'expédition polaire belge de ce dernier qui réussit le premier hivernage en Antarctique à bord de la Belgica (1897-1899). Responsable des observations relatives à la physique du globe, Émile Danco décédera d'une affection cardiaque pendant l'hivernage. Ses observations et travaux seront repris par Georges Lecointe, second de la Belgica.