En 1985, il commence une carrière d'entraîneur au Fenerbahçe en tant qu'entraineur adjoint de Guus Hiddink et Todor Veselinovic. En 1993, il devient successivement directeur technique dans les clubs suivants : Denizlispor, Sariyer, Erzurumspor, Aydinspor, Eskisehirpor, Elazigspor, Kayseri Erciyesspor, Pogon Szczecin, Altay, Hatayspor et Aksarayspor. En 1993-1994, il fait travailler Denizlispor et fait monter l'équipe en Super Ligue. Kaner est actuellement entraîneur de l'équipe nationale turque de football en salle.