La cinquième armée est reformée en 1939 pour défendre la Libye contre les Français en Tunisie et en Algérie. Après la fin de la bataille de France, la cinquième armée devient une source d'hommes et de fournitures pour la 10e armée italienne à la frontière avec l'Égypte. L'armée est dissoute le et incorporée au quartier général de l'Afrique du Nord. L'armée est rapidement réformée en Afrique du Nord entre le et le . Elle fut à nouveau réformée en Italie le pour défendre la Toscane, la Sardaigne et à partir de également la Corse. En , après l'armistice de Cassibile, la 5e armée se rend aux Allemands.