Lors de la saison 2019-2020, Aboubacar joue uniquement avec l'équipe réserve du FC Metz, alors en National 3. Il est directement titulaire lors de la première journée du championnat face au CSO Amnéville[2]. Il participe à 13 matchs avec sa nouvelle équipe[3].
De retour de son prêt au SO Cholet en National 1, Aboubacar joue son premier match professionnel avec le FC Metz lors de la vingt-deuxième journée de Ligue 2 face à l'Amiens SC en entrant à la place d'Habib Maïga en fin de match[4].
En mars 2023, le joueur prolonge son contrat de trois saisons[5].
Il est titulaire pour la première fois avec Metz la saison suivante lors de la vingt-septième journée de Ligue 1 face à l'AS Monaco FC (défaite cinq buts à deux)[6].
Il est titulaire lors de la première journée de championnat face à LB Châteauroux (défaite deux buts à zéro)[9]. Son premier but intervient lors du match face à l'US Orléans lors de la dixième journée de National 1[10]. Il enchaîne par la suite vingt-six matchs avec son club au total pour six buts inscrit[11].
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