Le , peu après la proclamation de l'indépendance de l'Azerbaïdjan, son Parlement abolit l'autonomie de l'oblast du Haut-Karabagh et le raion est renommé raion d'Aghdara avant d'être dissous le . La plus grande partie de son territoire est intégrée à la région de Martakert au sein de la république du Haut-Karabagh.