Au cours de la guerre civile russe, Iegorov fut commandant dans le Front Sud de l'Armée rouge et joua un rôle important dans la victoire contre les blancs en Ukraine. Iegorov était commandant dans l'Armée rouge au cours de la Guerre russo-polonaise de 1920. Durant cette campagne, il fut un proche collaborateur de Staline et de Semion Boudienny.
En 1925-1926, Iegorov fut envoyé en Chine comme conseiller militaire, avec son adjoint Valentin Trifonov. En 1927, il commandait l'Armée rouge de Biélorussie. En 1931, il fut nommé vice-commissaire du peuple à la Défense et chef de l'État-Major général de l'Armée rouge. En 1934, il devint membre candidat du Comité central du Parti communiste.
En raison de ses anciennes relations avec Staline et Boudienny, Iegorov semblait à l'abri de la vague d'arrestations qui déferla sur l'Armée rouge en 1937. Il fut même officiellement signalé comme l'un des juges de Toukhatchevsky lors de l'ouverture du procès de ce dernier, en , mais il est douteux que ce procès ait jamais eu lieu.
Lui-même fut arrêté en et exécuté quelque temps après — la date du fut officiellement annoncée par la suite, mais certaines sources soviétiques ont donné comme date de sa mort la fin de 1941. Il a été réhabilité par Nikita Khrouchtchev après la mort de Staline.