Il étudie la composition avec Paul Vidal. En 1920, André Fleury devient l’assistant de Gigout à la tribune de Saint-Augustin à Paris, puis celui de Charles Tournemire à Sainte-Clotilde. Il est nommé organiste titulaire de Saint-Augustin en 1930. Il ne fera pas la seconde guerre mondiale pour raisons de santé, étant atteint de la tuberculose.
En 1941, il est nommé professeur d'orgue à l’École normale de musique de Paris. Après la deuxième guerre mondiale, André Fleury et son épouse quittent Paris pour des raisons de santé, et s’installent à Dijon. En , il succède à Émile Poillot en tant qu'organiste titulaire de la cathédrale de Dijon et professeur de piano au conservatoire de Dijon, dont il crée la classe d’orgue en 1950.
En 1971 il accepte l'invitation de Jean Guillou de devenir organiste co-titulaire de Saint-Eustache à Paris. Il est également nommé professeur d'orgue à la Schola Cantorum et organiste titulaire de la cathédrale Saint-Louis de Versailles, tribune qu'il partage avec Jean-Pierre Millioud de 1978 à 1986. Président d'honneur et fondateur des Amis de l'orgue de Versailles et de sa région de 1980 à 1995.
Décédé en 1995, à l'âge de 92 ans, il est enterré à Arcy-sur-Cure.
Le musicien
Il a écrit une centaine de pièces pour orgue (un grand nombre à destination de la liturgie), quelques-unes sont encore inédites, quelques pages pour piano, deux mélodies et un chœur. Ayant donné de nombreux récitals en Europe, on lui doit aussi, en tant que concertiste, la création en première audition historique de plusieurs œuvres pour orgue telle que la Sonate de Darius Milhaud, le Scherzo de Maurice Duruflé, La Nativité du Seigneur d’Olivier Messiaen (deuxième audition).
Postlude (dernière des 24 pièces - arrangé pour Grand Orgue) (1935)
Symphonie no 1 (1938/1943)
Pastorale (1941)
Divertissement sur un Noël (1941)
Variations sur Adeste Fideles (1942)
Pour la Pentecôte, Veni Sancti Spiritus (1943)
Toccata sur l'Ite Missa Est pascal (1944)
Versets sur le Veni Creator (1945)
Carillon sur le Victimae Paschali Laudes (1945)
Offertoire pour l'Ascension (1945)
Offertoire sur deux Noëls (1945 - 1946)
Sortie sur un vieux Noël (1945 - 1946)
Symphonie no 2 (1946/1947)
Variations sur Haec Dies (1946)
Postlude (en Ré) (1947)
Paraphrase sur l'Alleluia de la Messe de Pâques (1947)
Prélude à l'Introït (1947)
Offertoire (1947)
Sortie pascale (O Filii) (1947)
Prélude sur l'Introït Resurrexi (1949)
Vexilla Regis (1949, non publié)
Messe pour la fête de tous les saints (1954)
Prélude à l'Introït VXIe dimanche après la Pentecôte (1954)
Psaume pour les morts de la guerre (1954)
Prélude et Fugue no 2 (1957-1959)
Variations sur un Noël bourguignon (1959-1960)
Offertoire pour une messe de la Sainte Vierge (Ave Maria) (1959)
Entrée pour le XVIe dimanche après la Pentecôte (1961)
Offertoire pour le XVIe dimanche après la Pentecôte (1961)
Elévation pour le XVIe dimanche après la Pentecôte (1962)
Communion pour le XVIe dimanche après la Pentecôte (1963)
Postlude pour le XVIe dimanche après la Pentecôte (1965)
Sept pièces (1967)
Fantaisie (Honos alit artes) (1969)
Prélude, Cantilène et Final (1981)
Transcription du Vézinet de Rameau (1983)
Versets sur l'hymne Lucis Creator (1990)
Pièce sans titre Tampon (1993)
Orgue avec instrument
Marche pour orgue et trompette (1980)
Méditation pour orgue et violoncelle (1988, non publié)
Piano Solo
Trois pièces (1946/1947)
Quatre pièces brèves (1951)
Trois pièces (1953)
Œuvres non datées
Versets sur l'hymne Lucis Creator pour orgue
Trois versets sur A Solis Ortus Cardine pour orgue
Transcription de la Berceuse extr. de Dolly (Fauré) pour orgue
Sujets de fugues, thèmes d'improvisation (P. Cochereau, M. Dupré)
Prélude à l'Introït / XVIe dimanche après la Pentecôte pour orgue
Mouvements de trio avec piano
Magnificat du 8e mode pour orgue
In memoriam Louis Vierne pour orgue
Finale des Variations sur O Filii pour orgue
Esquisses d'une pièce en hommage à Jehan Alain pour orgue
Esquisse du 3e mouvement d'un Triptyque pour orgue
Chœur "A Jésus ouvrier"
Discographie
Jacques Kauffmann, à l'orgue de la cathédrale d'Auxerre (plusieurs CD : Prélude et fugue en fa mineur, Variations sur un noël bourguignon, Messe de la Toussaint...) - Studio SM.
Denis Comtet, à l'orgue de St François-Xavier, Paris (Symphonie no 2, Prélude, andante et toccata...) - Aeolus.
François Lemanissier, aux orgues des églises de Saint-Lô (Variations sur un noël bourguignon, Prélude, cantilène et final, Pour la Pentecôte, Prélude, andante et toccata) - Triton.
Graham Barber à l'orgue de Salisbury (Prélude, andante et toccata) - Priory.
Hommage à André Fleury : Hervé Désarbre, François Lemanissier, Christophe Simon, Amaury Sartorius, Jean-Pierre Millioud, à l'orgue de la cathédrale de Versailles (Prélude, andante et toccata, noëls, Prélude, cantilène et final) - Intégral Classic.
Marie-Andrée Morisset-Balier, à l'orgue de Saint-Ouen de Rouen (Prélude, cantilène et final) - Mottete.
Pierre Cochereau, à l'orgue du Boston Symphony Hall (Modéré et expressif) - Haydn House.
Pauline Koundouno-Chabert, à l'orgue de la cathédrale d'Agen (variations sur O Filii) - Psalmus.
Cherry Rhodes, à l'orgue de la Chicago Queen of All Saints Basilica (Variations sur un noël bourguignon) - Pro Organo.
Suzanne Chaisemartin, à l'orgue de Saint-Augustin (Variations sur un noël bourguignon) - Aeolus.
Ken Kowan, à l'orgue de la cathédrale de Tolède (Variations sur un noël bourguignon) - JAV.
"André Fleury im Gespräch mit Dorothee Hütte, "in Ars Organi 41, Vol. 3 (September 1993): 127-140.
Blanc, Frédéric, et François Sabatier (eds.): "André Fleury (1903-1995)", in L'Orgue: Cahiers et memoirs No. 55 (1996). Paris, France: Association des Amis de l'Orgue, 1986.
Sabatier, François. "André Fleury", in Guide de la musique d’orgue, édité par Gilles Cantagrel. Paris: Fayard, 1991: 353.
Collemant Françoise "André Fleury" in mémoire de maîtrise d'éducation musicale, Université de Paris-Sorbonne 1975-1976
Hommage à André Fleury, n° spécial du Bulletin des Amis de l'orgue de Versailles et de sa région, (ISSN1267-6152)