Natif de La Rochelle, Benoît Paillaugue commence le rugby en Charente Maritime, et joue en Crabos pour le Stade rochelais, le grand club régional.
Il intègre ensuite le centre de formation du Stade français, en tant qu'Espoir pendant trois ans. Il ne joue en tout et pour tout que 60 minutes sous les couleurs parisiennes en Top 14, lors de la saison 2007-2008.
En manque de temps de jeu, il rejoint en 2009 le club du FC Auch Gers, en Pro D2.
Cependant, Benoît Paillaugue n'y joue que six mois puisqu’il rejoint l’effectif du MHR lors de la trêve hivernale en compagnie de Masi Matadigo[2].
Durant la saison 2021-2022, son club termine à la deuxième place de la phase régulière et se qualifie donc pour les phases finales. Lors de la demi-finale, il est titulaire au poste de demi de mêlée et bat l'Union Bordeaux Bègles, se qualifiant ainsi pour la finale[4]. Le , il est de nouveau titulaire lors de la finale du Top 14 et affronte victorieusement le Castres olympique (victoire 29 à 10). Durant ce match il est l'un des buteurs de son équipe et marque notamment deux pénalités, soit six points[5]. Il remporte ainsi son troisième titre avec le club héraultais, après les Challenge européen en 2016 et 2021. Cette saison 2021-2022, il joue huit matchs toutes compétitions confondues et marque 36 points.
Cadre du MHR, il rejoint le RC Toulon pour deux ans à l'issue de la saison 2021-2022[6]. Il quitte finalement le club à l'issue de la première année pour revenir au MHR en tant qu'entraîneur des skills.