Issu d'une famille juive, Branko Lustig est déporté lors de la Seconde Guerre mondiale dans les camps de concentration d'Auschwitz et Bergen-Belsen, ainsi qu'une partie de sa famille qui y périt.
En 2012, Branko Lustig remporte le Bambini-Generation-Award de la société des jeunes universitaires.
Le président croate Franjo Tuđman lui décerne pour son travail “l’ordre du duc Trpimir”. En 2008, en tant que premier parmi des cinéastes, il lui est conféré le titre de docteur honoris causa de l’université de Zagreb. Il fonde la même année avec Phil Blazer l’entreprise de production “Six Point Films” à Los Angeles pour “produire des films plus profonds qui invitent à la réflexion”. Depuis 2008, Lustig est le président honoraire du festival du film juif de Zagreb.
En , il est honoré pour son engagement sur la mémoire de l’Holocauste de l’institution Los Angeles Museum of the Holocaust dans le cadre du deuxième “Dinner annuel” à Beverly Hills avec le fondateur du Service Autrichien de la MémoireAndreas Maislinger. L’éloge est prononcé par la survivante de l’Holocauste Renée Firestone.