Le club est fondé en 1913 par un groupe de jeunes qui choisissent le blanc et le vert comme couleurs, symbolisant respectivement la pureté et l'espoir[2]. Après sa fondation, le Rubio Ňu rejoint le championnat dissident, la "Liga Centenario", créée par quelques clubs en désaccord avec la Fédération du Paraguay de football organisant le Championnat du Paraguay de football[3]. 23 ans après, deux clubs du quartier de Santísima Trinidad (Club Itá Ybaté and Club Flor de Mayo) fusionnent avec le Club Rubio Ňu. Le Sportivo Trinidense (qui est du même quartier) est le principal rival du club.
Après la disparition de la Liga Centenario, le club est champion de deuxième division en 1926 et accède à la première division. Depuis, le Rubio Ňu est passé par les trois divisions de nombreuses fois. En 2008, ils remportent le championnat de deuxième division pour la septième fois de leur histoire et accèdent donc à l'élite en 2009.