Le comté a été créé le , à la suite d'une division du comté de Monroe.
Le comté porte le nom de Lemuel P. Montgomery, jeune officier de l'armée des États-Unis tué à la bataille de Horseshoe Bend, ultime bataille de la guerre contre les Indiens Creek.
La ville de Montgomery, chef-lieu du comté, porte quant à elle le nom de Richard Montgomery, général de la guerre d'indépendance, tué en 1775 en tentant de capturer la ville de Québec.