La Coupe de l'AFC 2009 est la sixième édition de la Coupe de l'AFC, la compétition mise en place par l'AFC pour les meilleures équipes des pays classés comme en développement par la confédération asiatique et qui correspond au deuxième niveau dans la hiérarchie en Asie.
Plusieurs changements importants au niveau des clubs participants ont eu lieu à l'issue de l'édition 2008. L'extension de la Ligue des champions de l'AFC a provoqué la mise en place d'un tour préliminaire dont les trois perdants sont reversés en Coupe de l'AFC. De plus, le nombre de clubs engagés en Coupe de l'AFC passe à 32, pour se calquer sur le modèle de la Ligue des champions. Il y a donc huit groupes lors de la phase de poules et un tour supplémentaire (les huitièmes de finale) est ajouté en phase finale.
Plusieurs nations auparavant inscrites en Ligue des champions doivent s'aligner en Coupe de l'AFC, c'est le cas du Koweit, de la Syrie, du Viêt-Nam, de la Thaïlande et de l'Irak. Trois équipes qui devaient participer au tour préliminaire de Ligue des champions ont été directement reversées en Coupe de l'AFC car elles ne répondaient pas aux critères d'engagement décrits par l'AFC. Il s'agit d'Al Muharraq Club, du Safa Beyrouth et du Binh Duong FC.
C'est le club du Koweït SC qui remporte la compétition après sa victoire en finale face aux Syriens d'Al-Karamah SC. C'est le premier titre continental du club, qui obtient du même coup sa qualification pour la prochaine Ligue des champions de l'AFC, tout comme le finaliste malheureux, Al-Karamah SC.
Toutes les équipes participantes sont réparties dans huit groupes, qui compte quatre formations chacun. Les clubs d'Asie de l'Ouest sont dans les groupes A, B, C, D et E tandis que ceux d'Asie de l'Est sont dans les groupes F, G et H. Les deux premiers de chaque poule se qualifient pour les huitièmes de finale. Chaque groupe se déroule sur la base de matchs aller-retour. Les rencontres ont lieu entre le 10 mars et le .
Les huitièmes de finale opposent un premier de groupe à un deuxième d'un autre groupe et se déroule sur un match simple, sur le terrain du premier de groupe. La répartition entre Asie de l'Ouest et Asie de l'Est est encore conservée à ce stade de la compétition.
