La Coupe de la confédération 2006 est la troisième édition de la Coupe de la confédération. Les meilleures équipes non qualifiées pour la Ligue des champions de la CAF et les vainqueurs des coupes nationales participent à cette compétition.
Cette édition voit le sacre du club de l'Étoile sportive du Sahel de Tunisie qui bat le tenant du titre, les Marocains du FAR Rabat. Comme lors des deux éditions précédentes, les finalistes ont tous deux été repêchés de la Ligue des champions. C'est le premier succès en Coupe de la confédération pour le club, qui a déjà été sacré cinq fois au niveau continental.
Les huit formations qualifiées sont réparties en deux poules de quatre équipes, qui se rencontrent deux fois, à domicile et à l'extérieur. Le premier de chaque groupe se qualifie pour la finale.
↑Le vainqueur de la Coupe du Zimbabwe et 2e du championnat, Masvingo United, aurait dû participer à la Coupe de la confédération cette saison mais est suspendu par la CAF. Ce désistement n'est pas remplacé par la fédération zimbabwéenne.
↑À la suite d'un accord entre les deux équipes, le premier tour entre le CF da Beira et l'Élan Club ne se dispute que sur un seul match, joué au Mozambique.
↑Le TP Mazembe est disqualifié par la CAF pour être arrivé en retard lors du match aller, celui-ci est donné perdu sur tapis vert 3-0.
↑L'ASC Port Autonome ne se présente pas lors du match retour, qu'elle perd sur tapis vert 3-0, sur décision de la CAF.
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