Le club fut fondé le , sous l’appellation Deutscher Fussball-Club Germania Prag, par la réunion de deux équipes d’étudiants, nommées Unitas et Urania, qui existaient depuis l’année précédente. Le , le club fut officiellement enregistré à l’initiative de Josef Sedlak et d’Heinrich Nonner.
Le club se choisit les couleurs Noir et Blanc. Le local fut installé au Café Weinberg dans le district appelé de nos jours Královske Vinohrady. Les matches se jouèrent à un endroit appelé Kanalgarten (en Tchèque Kanalka). Le DFC Germania 1899 disposa rapidement d’une tribune et d’un club-house spacieux.
Le , avec le DFC Prague et la section football du Regatta, le club fonda la Verband der Prager Deutschen Fußball-Vereine. Cela permit la création d’un championnat de Prague que le DFC Germania remporta en 1901.
L’année suivante, le dénouement de la saison fut assez déroutant. Le rival du club DFC Prague eut le droit de participer à la première édition du championnat national en 1903. Ce club en atteignit d’ailleurs la finale sans jouer en raison du forfait du Karlsruher FV. Mais le plus étonnant était que le titre praguois 1902 n’avait pas été attribué. Faute de sources suffisantes, on peut difficilement tirer de conclusions définitives. Mais il est certain que la finale 1902 du championnat de Prague n’eut pas lieu.
Le marqua la fin du DFC Germania. Submergé par les problèmes financiers, causés par la perte de son terrain (où l’église Georg fut construite), le club fut dissous. Les hésitations et désaccords entre certains dirigeants qui étaient issues du milieu de la Poste ou des Chemins de fer furent d’autres raisons de l’arrêt du club. Les joueurs s’en allèrent vers d’autres clubs praguois. Ce fut le cas de Ladislaus Kurpiel, qui jusqu’à la Première Guerre mondiale fut un des éléments vedettes du DFC Prague. Il fut d’ailleurs sélectionné dans l’équipe d’Autriche qui participa aux Jeux olympiques de 1912 à Stockholm.