Au cours de la saison NFL 2006, Daunte n'a guère pu jouer à cause d'une blessure qui le faisait énormément souffrir. De plus l'équipe a eu un peu de difficulté à remporter ses duels contre d'autres équipes. Pour ces raisons, Daunte a fait parvenir une demande d'échange. Bien que convoité par plusieurs formations de la NFL, Daunte est échangé aux Dolphins de Miami, une formation en reconstruction. En retour, les Vikings ont obtenu un choix de deuxième tour à la prochaine draft. L'échange s'est fait le .
La saison 2006 à Miami est décevante pour Culpepper. Il est libéré de son contrat par les Dolphins le , puis signe aux Raiders d'Oakland. Il y joue 7 matchs en une saison avant d'être libéré.
Après quelques tentatives infructueuses pour trouver une nouvelle franchise, il décide de prendre sa retraite en . Finalement, le , il signe un nouveau contrat de deux ans avec les Lions de Détroit, avant d'arrêter sa carrière en NFL à l'issue de la saison 2009.
