La branche Ouest prend sa source dans le comté de Cook, alors que la branche Est prend sa source dans le comté de DuPage. La confluence des deux cours d'eau se situe près de la ville de Naperville aux limites du comté de DuPage et du comté de Will.
La rivière DuPage est le principal affluent de la rivière Des Plaines, dans laquelle elle se jette à l'ouest de la ville de Joliet.
