Le déficit peut être soit quantitatif soit qualitatif. La forme homozygote est létale ; la forme hétérozygote donne lieu à des thromboses récidivantes dans la moitié des cas.
Le facteur V Leiden qui consiste en une résistance du facteur V à la protéine C (dont la protéine S est un cofacteur) donne des symptômes similaires mais moins prononcés.
La protéine S étant vitamine K dépendant, les anticoagulants oraux diminuent son taux ; c'est ce qui explique l'effet procoagulant initial de ces médicaments.
Il est recommandé de ne pas rester immobile durant une période prolongée, d’effectuer de l’exercice physique, de boire de l’eau et de s’abstenir de l’usage de drogues ou autres facteurs pouvant influencer la texture sanguine afin de prévenir la création de caillots sanguins cependant, il n’y a pas de traitement pouvant guérir cette irrégularité sanguine.
