Issu d'une famille de cyclistes, Emmanuel Morin pratique ce sport dès l'âge de quatre ans, tout d'abord dans le BMX. Licencié au Carquefou BMX Club, il se détourne cependant de cette discipline en 2014 après avoir subi de nombreuses blessures, dont plusieurs traumatismes crâniens. Il prend sa première licence sur route en catégorie « pass'cyclisme » à dix-neuf ans[1],[2].
En 2015, il intègre la section cyclisme de l'US Saint-Herblain, club évoluant en division nationale 3. Enchaînant les succès en troisième catégorie, il s'impose également sur le championnat de Loire-Atlantique face à des coureurs de deuxième catégorie. Ces bonnes prestations lui permettent de monter en première catégorie avant juin, seulement quelques mois après ses débuts sur route[1]. À l'automne, il participe avec une délégation régionale au Tour de Côte d'Ivoire, où il se distingue en signant trois tops 10[3].
En 2017, il rejoint la formation Sojasun espoir-ACNC, en division nationale 1[4]. Il participe avec l'équipe de Bretagne au Tour de l'Avenir, où il se classe quatrième de la première étape et deuxième du classement par points[5]. Lors de la saison 2018, il s'illustre en remportant huit courses.
Après y avoir été stagiaire, il passe finalement professionnel en 2019 au sein de la formation Cofidis[6].
