À la suite d'une annonce de presse faite le , le lancement de la compagnie est intervenu dans le courant de l'hiver austral 2013 [N 1], pour un début d'activité en novembre de la même année.
Ce lancement a été confirmé lors de la signature le 13 septembre 2013 d'un protocole d'investissement entre les futurs actionnaires.
Le capital de 4,4 millions d'euros est détenu à 52,3 % par la compagnie réunionnaiseAir Austral, les 47,7 % restants étant répartis entre la Chambre de Commerce et d’Industrie de Mayotte (CCIM - 22,7 %) et le groupe mahorais Issoufali par l'intermédiaire de la société Ylang Invest (25 %)[1]. Le siège social est situé à Dzaoudzi et le Président est Marie-Joseph Malé (qui est également le Président d'Air Austral).
Le vol inaugural (une liaison Mayotte-Moroni) devait avoir lieu le 29 octobre 2013, mais a été annulé, les Comores refusant l'atterrissage d'Ewa Air sur leurs pistes, ce qui a provoqué en réaction des autorités françaises des mesures de rétorsion symétriques contre la compagnie comorienne Int'Air Îles.
Cette crise initiale résolue, le premier vol Mayotte-Moroni a eu lieu le 17 novembre 2013[2].