Le fort construit par les espagnols au XVIIIe siècle fut étroitement associé à la Guerre de 1812 et à la Guerre de Sécession. Lors de la première phase de son histoire, en raison de la rivalité entre les trois puissances coloniales qu'étaient l'Espagne, la France et la Grande-Bretagne, il fut à plusieurs reprises détruit puis reconstruit. Les Espagnols le construisirent, en 1787, sur un promontoire nommé « Barrancas de Santo Tome », sur lequel ils avaient déjà, en 1698, érigé une première fortification, nommée « Fort San Carlos de Austria », qui avait été détruit en 1719 par les Français. De 1763 à 1781, ce fut au tour des Britanniques de contrôler Pensacola qui leur fut repris par l'expédition espagnole de 1781. Le fort en brique, semi-circulaire, de Pensacola constituait avec Saint Augustine leurs têtes de pont, en Floride Occidentale, au sud-est des États-Unis.
La collaboration des Espagnols avec les forces Britanniques lors de la Guerre de 1812 conduisit Andrew Jackson à attaquer Pensacola en 1814. Les forces britanniques qui occupaient alors le fort se replièrent sur leurs navires après avoir fait exploser la fortification. Lorsque Jackson poursuivit vers La Nouvelle-Orléans, les Espagnols revinrent et commencèrent à rebâtir le fort. Quatre ans plus tard, vers la fin de la Première Guerre séminole, Jackson attaqua à nouveau Pensacola. En acceptant la reddition du gouverneur espagnol installé au Fort San Carlos de Barrancas, il prit en fait le contrôle de la Floride Occidentale au nom des États-Unis.
Afin d'améliorer les défenses côtières, après la Guerre de 1812, les troupes américaines renforcèrent les fortifications de la baie de Pensacola. Entre 1833 et 1844, juste à l'arrière du Fort San Carlos de Barrancas, il construisirent une nouvelle fortification, le Fort Barrancas; puis, faisant partie du complexe défensif, le Fort Redoubt à moins de mille mètres au nord. Lors de Guerre de Sécession les trois forts furent tout d'abord aux mains des Confédérés puis de l'Union.
(en) United States. National Park Service, « Fort San Carlos de Barrancas » dans Founders and frontiersmen; historic places commemorating early nationhood and the westward movement, 1783-1828, Washington : U.S. Govt. Print. Off. 1967. (OCLC184430)