Il est réélu en 2007 et en 2012. Il est le doyen d'âge de l'Assemblée nationale au début de la XIVe législature et préside à ce titre la première séance. Il est à l'origine de deux textes adoptés en 2009 concernant le secteur du logement : la loi Scellier et la loi Scellier BBC.
Le , François Scellier est jugé coupable de favoritisme par le tribunal correctionnel de Pontoise. Le tribunal estime que l’ancien maire de Saint-Gratien a enfreint les règles d’attribution de deux marchés publics en 1996, dont celui de l'extension de l'école Jean Zay, mais prononce une dispense de peine en considérant l'ancienneté des faits[2].