La création d'une station à Pont-sur-Yonne est incluse dans le tracé d'une section de la ligne de Paris à Lyon ; elle est construite par l'État lorsqu'il effectue les travaux du tronçon de Montereau à Tonnerre. Sa mise en service intervient le [1], avec l'ouverture au trafic de la section de Paris à Tonnerre par l'État[2] qui après avoir effectué les travaux rétrocède cette voie en 1852 à la Compagnie du chemin de fer de Paris à Lyon (PL).
Au début du XXe siècle, la mise à quatre voies de la ligne impose la destruction du bâtiment voyageurs d'origine.
Un incendie détruit en partie le bâtiment voyageurs en 2004. Des travaux de reconstruction pour une valeur d'environ un million d'euros[3] sont entrepris en 2007. Le 9 septembre 2009[4] a lieu l'inauguration du bâtiment reconstruit à l'identique dans un style régionaliste « inspiré de la gare de Trouville - Deauville ».
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Halte[5] SNCF, elle dispose d'un bâtiment voyageurs fermé au public. C'est un point d'arrêt non géré (PANG) équipé de trois quais desservant les quatre voies. Elle est équipée de distributeurs automatique de billets TER.
↑Memoires de l'Académie des sciences, arts et belles-lettres de Dijon, Académie des sciences, arts et belles-lettres de Dijon, 1939, p. 267 extraits (consulté le 11 décembre 2010).
↑Adolphe Laurent Joanne, Atlas historique et statistique des chemins de fer français, L. Hachette, 1859, pp. 59-60 intégral en ligne (consulté le 11 décembre 2010).
