Guillaume Mortier naît à Toulon d'un père Belge (originaire de Tournai) et d'une mère française[2]. Enfant, il préfère le cyclisme au rugby, sport qui l'« intimidait un peu »[2]. Il finit néanmoins par jouer au rugby, et évolue dans les équipes jeunes du RC Toulon de 2013 à 2017[3], avant d'intégrer le centre de formation de Provence rugby[3].
Pendant sa période en centre de formation, il devient international belge, décrochant sa première sélection en 2018 face à la Russie[1].
Après deux saisons dans le club provençal, il n'est pas conservé dans l'effectif professionnel. Il rejoint le Stade nantais en Fédérale 1[2], où il obtient un bon temps de jeu, avec 15 rencontres disputées[1]. S'il souhaite s'inscrire dans la durée avec Nantes, où il « sent qu'il y a un projet de jeu qui tient la route, [qui] peut nous mener vers la Pro-D2 », il doit quitter le club au bout d'une saison, à la suite de la relégation du club en Fédérale 3[4]. Il signe dans un nouveau club de Fédérale 1, le FC Oloron[3]. Après un an où il n'a pas joué à cause de la pandémie de Covid-19, il rejoint l'US Marmande, souhaitant « retrouver un groupe pro, qui s’entraîne plus »[5].
Bien que promu en Nationale 2, il ne reste pas à Marmande. Il décide de s'engager pour deux saisons en faveur du RO Grasse, club de Fédérale 1, notamment pour se rapprocher de sa région d'origine[6]. Il ne reste toutefois qu'une saison à Grasse, partant en 2023 au RC Tricastin[7].