Entre 1973 et 1978, Hassen Annabi est professeur dans l'enseignement secondaire. En 1978, il devient professeur à l'université. Entre 1988 et 1990, il est secrétaire général de la Société tunisienne des historiens universitaires. Entre 1996 et 1998, il est le doyen de la faculté des sciences humaines et sociales de Tunis[1].
Membre de la comité de lecture de plusieurs revues académiques, il est secrétaire générale de la Société tunisienne des historiens universitaires entre 1988 et 1990 et rédacteur en chef de la revue Les Cahiers de Tunisie entre 1990 et 1992. Il est également professeur invité à l'université Hitotsubashi[4].
Le Parlement de Paris sous le règne de Louis XIV : l'institution, le pouvoir et la société, Tunis, Faculté des sciences humaines et sociales de Tunis, .
Itinéraire du savoir en Tunisie : les temps forts de l'histoire tunisienne, Tunis, Alif,
Abrégé de la médina de Tunis : histoire et lieux de mémoire, Tunis, Contraste/Agence de mise en valeur du patrimoine et de promotion culturelle, [8].
Ouvrages collectifs
Familles, individus et solidarités dans les sociétés méditerranéennes du XVIe siècle à nos jours, Tunis, Centre d'études et de recherches économiques et sociales, .
Les Archives, la société et les sciences humaines, Tunis, Centre d'études et de recherches économiques et sociales, .
Enjeux identitaires en mutation : Europe et Bassin méditerranéen, Berne, Peter Lang, .
Le corps humain dans les sociétés méditerranéennes du XVIe siècle à nos jours : représentations, savoirs et usages, Tunis, Faculté des sciences humaines et sociales de Tunis, .
Développement régional en Tunisie et coopération tuniso-allemande, Tunis, Konrad Adenauer Stiftung, .
Voyages et voyageurs dans le monde méditerranéen du XVIe siècle à nos jours, Tunis, Faculté des sciences humaines et sociales de Tunis, .
Familles, parents et enfants de l'Antiquité à nos jours : sensibilités, stratégies et conflits, Tunis, Faculté des sciences humaines et sociales de Tunis, .
La Tunisie au patrimoine mondial de l'humanité : les sites culturels, Tunis, Agence de mise en valeur du patrimoine et de promotion culturelle, .