Après le déménagement des Dukes d'Albuquerque à Portland en 2000, Albuquerque reste sans représentant en PCL jusqu'en 2003 et la création des Isotopes à la suite du transfert de la franchise canadienne des Cannons de Calgary.
Le choix du nom de la franchise est directement inspiré de la série Les Simpson où l'équipe locale porte le nom des Isotopes de Springfield. Dans l'épisode Homer fait la grève de la faim, diffusé en , les Isotopes de Springfield sont convoités par Alburquerque, encore sous le choc de la perte des Dukes. Ce choix fut confirmé par un vote à 67 % de 120 000 personnes à Albuquerque.