Diplômé en sciences de la communication, Jaume Balagueró suit également des études de cinéma et de photographie. D'abord journaliste en presse écrite et radio, il débute au cinéma en réalisant deux courts métrages, Alicia (1994) et Dias sin luz (1995). C'est en 2000 qu'il passe au long métrage avec le film fantastique La Secte sans nom (Los Sin nombre). Inspirée d'une histoire de Ramsey Campbell, cette œuvre très sombre rencontre un vrai succès critique et public, remporte trois prix au Festival de Gérardmer (qu'il préside lors de l'édition 2009) et impose d'emblée le jeune réalisateur comme l'un des grands espoirs du cinéma horrifique espagnol.
En 2002, Jaume Balagueró réalise Darkness, qui lui donne l'occasion de diriger un casting international (Anna Paquin, Lena Olin,...) et de percer aux États-Unis. Trois ans plus tard, il persévère dans le registre du frisson avec le long métrage Fragile (Fragiles), emmené par Calista Flockhart. En 2008, il coréalise avec Paco Plaza l'éprouvant REC, film d'horreur réaliste filmé comme un reportage, qui rencontre un grand succès dans divers pays, à commencer par l'Espagne.
Deux ans plus tard sort REC 2. Se déroulant quelques minutes après la fin du premier opus, le film connaît la consécration grâce à une présentation hors-compétition à la Mostra de Venise 2009.