1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 22 juin 2022
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Osasuna Pampelune (2007-2008)
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Retour au Real Madrid (2008-2009)
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Benfica Lisbonne (2009-2012)
Il est transféré au Benfica Lisbonne lors du mercato de l'été 2009[2] pour 5 ans et 7 M€. Sa clause libératoire est de 30 M€. Dès son arrivée, Javi Garcia réussit à s'imposer en tant que milieu défensif et devient l'un des artisans de la conquête du championnat portugais aux côtés de Luisão, Óscar Cardozo, Ángel Di María, Ramires ainsi que David Luiz. Après cette première saison couronnée de succès, Javi Garcia parvient à confirmer en devenant une référence à son poste, dans le championnat portugais. Grâce à ses performances, les dirigeants portugais lui proposeront une prolongation qu'il signera se voyant ainsi lié au club lisboète pour 2 ans supplémentaires, une augmentation de salaire ainsi qu'une clause libératoire passant de 30 à 50 millions d'euros.