Après la mort de leur père, son demi-frère Jean-Frédéric Ier de Saxe, qui est son tuteur jusqu'en 1528, prend le titre d'Électeur de Saxe et Jean-Ernest règne conjointement avec lui sur le domaine électoral. En 1541 Jean-Frédéric Ier décide de régner seul et lui constitue un domaine distinct.
Il cède à Jean-Ernest les possessions franconiennes de la maison de Wettin et Cobourg, Königsberg, Neustadt, Sonneberg, Neuhaus-SchierschnitzHildburghausen, Veilsdorf, Schalkau et Ummerstadt. Jean-Ernest de Cobourg, reçoit en outre, une pension de son frère. En 1542, Jean-Ernest entreprend la construction du château d'Ehrenbourg qui restera la résidence des ducs de Cobourg jusqu'en 1918. Le 12 février de la même année, il épouse à TorgauCatherine († 1581), fille du duc Philippe Ier de Brunswick-Grubenhagen. Le mariage reste stérile. C'est sous le règne de Jean-Ernest que débute à Steinheid l'exploitation aurifère.
En 1547 Jean-Ernest n'est pas affecté par la défaite de la Ligue de Smalkalde par Charles Quint lors de la Bataille de Mühlberg, la déposition de l'électorat de son frère, en faveur de la branche albertine, et l'emprisonnement de Jean-Frédéric Ier par l'empereur. Jean-Ernest continue de régner seul pleinement sur Cobourg, même s'il doit céder Königsberg à l'empereur. Après sa mort sans héritier Cobourg est attribué à Jean-Frédéric Ier († 1554) libéré depuis quelques mois des prisons impériales puis à partir de 1554 conjointement à ses trois fils qui gouvernent quelque temps comme corégents le reste des domaines de la branche Ernestine.
