Après des débuts en 1972 à l’ORTF, il est correspondant de France Inter à Washington dans les années 1980. À son retour en France, il présente le journal de 13 h 00 de France Inter en direct et en public, et le magazine Synergie de 1990 à 1999[2].
En 2006, Jean-Luc Hees revient à l'antenne sur Radio Classique. En 2007, il est chargé sur cette antenne de l'émission culturelle Hees bien raisonnable de 18 à 20 heures. À la rentrée 2008, il est à la tranche matinale de 8 à 10 heures. En 2008, il tient une chronique dans Charlie Hebdo sur la campagne présidentielle américaine.
En , il entre au comité d'éthique de la chaîne de télévision nouvellement lancée RT France, en compagnie de l'homme politique Thierry Mariani[7].
Polémiques sur l'indépendance en tant que président de Radio-France
Contrairement à ses prédécesseurs et à son successeur qui sont nommés par le conseil supérieur de l'audiovisuel, sa nomination est une application de la loi organique du , qui prévoit la désignation en conseil des ministres des présidents de l'audiovisuel public[8].
L'intervention en direct contre Edwy Plenel
Bien qu'ayant renoncé à l'antenne, Jean-Luc Hees, tout juste nommé à la tête de Radio-France, intervient le à 8 h 57 dans l'émission « Le sept-dix » de France Inter avec Éric Delvaux, pour porter la contradiction à Edwy Plenel qui dénonçait avec une certaine « virulence » ce qu'il appelait « un rapport clientéliste des médias à l'État », visant par ces propos la nomination de Hees à la tête de la radio par Nicolas Sarkozy[9]. Edwy Plenel pointait ainsi du doigt la perte d'indépendance à ses yeux de la radio publique. Cette interruption directe des programmes par Jean-Luc Hees pour se défendre personnellement a été critiquée par de nombreux journalistes de France Inter[10].
Le non-renouvellement des contrats de Stéphane Guillon et Didier Porte
Après le non-renouvellement, annoncé le , des contrats de Stéphane Guillon et Didier Porte[11], deux humoristes de la matinale de France Inter, assurant pourtant un pic d'audience de la station, il est au cœur, avec Philippe Val, directeur de France Inter d'une polémique l'accusant de collusion avec le président de la République, objet de nombreuses railleries de la part des deux humoristes. Cette éviction est largement commentée comme un limogeage politique sur le net et dans la presse[12],[13]. Le jeudi , une manifestation de soutien aux deux humoristes, devant le siège de Radio-France, rassemble environ 2 000 personnes selon les syndicats réclamant la démission des deux dirigeants[14].
Affaires judiciaires
Par trois décisions du , la Cour de discipline budgétaire et financière condamne Jean-Luc Hees à des amendes d'un montant total de 4 500 € pour des négligences dans sa conduite de Radio-France en ce qui concerne les marchés relatifs au chantier de réhabilitation, les achats de biens et de services et les rémunérations[15], pour un montant total de 16,99 millions d'euros d'argent public[16].
Clairvoyance journalistique
En tournée de promo sur France Inter à l'occasion de la sortie de son livre Hillary Clinton Une certaine idée de l'Amérique, il déclare qu'Hillary Clinton sera forcément élue. L'argumentaire sur la grande qualité de celle-ci repose entre autres sur le fait qu'elle se souvenait de la fille de M. Hees qui l'avait rencontrée quelles années auparavant.
Chose bien plus importante que la détestation de la famille Clinton suite au mariage princier de leur fille.
Il a été marié à la journaliste, animatrice de télévision et de radio, puis éditrice, Muriel Hees[20]. En , il est photographié dans le magazine Paris Match en compagnie de sa nouvelle épouse d'origine anglaise, Carol-Ann Duchatelier, qu’il a épousée en juillet 1990 et avec qui il vit en Normandie[21].