Un supplément d’âme : Les intentions primordiales de Fernand Dumont (1947-1970), Presses de l'université Laval, 1998.
Sortir de la « Grande Noirceur » : L'horizon personnaliste de la Révolution tranquille, Avec É.-Martin Meunier, Septentrion, 2002.
L'Engagement sociologique : La tradition sociologique du Québec francophone (1886-1955), Boréal, 2003.
Edmond de Nevers : Portrait d’un intellectuel, Boréal, 2005.
Hourra pour Santa Claus : La commercialisation de la saison des fêtes au Québec 1885-1915, Montréal, Boréal, 2006.
Ils voulaient changer le monde : Le militantisme marxiste-léniniste au Québec, Montréal, VLB, 2007.
Une douce anarchie : Les années 68 au Québec, Boréal, 2008.
L'art vivant : autour de Paul-Émile Borduas, Boréal, 2011
Les prisonniers politiques au Québec, VLB, 2013.
Honoré Beaugrand. La plume et l'épée (1848-1906), Boréal, 2015.
Discours et pratiques de la contreculture au Québec, Avec Andrée Fortin, Septentrion, 2015.
Le piège de la liberté : les peuples autochtones dans l'engrenage des régimes coloniaux, avec Denys Delâge, Boréal, 2017.
Histoire du taxi à Montréal : Des taxis jaunes à UberX, Boréal, 2020.
Direction
Gilles Gagné et Jean-Philippe Warren (dir.), Sociologie et valeurs. Quatorze penseurs Québécois du XXe siècle, Les Presses Universitaires de Montréal, Collection corpus, 2003.
Jean-Philippe Warren (dir.) La question des races. Une anthologie, Bibliothèque Québécoise, 2003.
Jean-Philippe Warren (dir.) Mémoiresd'un avenir. Dix utopies qui ont forgé le Québec, Nota Bene, 2006.
Jean-Philippe Warren et Céline Saint-Pierre (dir.) Sociologie et société québécoise. Présence de Guy Rocher, PUM, 2006.
Olivier Kemeid, Pierre Lefebvre et Robert Richard, avec la collaboration d'Evelyne de la Chenelière, Michel Peterson et Jean-Philippe Warren (dir.), Anthologie Liberté (1959-2009). L'écrivain dans la cité, Le Quartanier, 2011.
Xavier Garnier et Jean-Philippe Warren (dir.), Écrivains francophones en exil à Paris. Entre cosmopolitisme et marginalité, Karthala, 2012.
Jean-Philippe Warren (dir.), Histoires des sexualités au Québec au XXe siècle, VLB, 2012.
Ivan Carel, Robert Comeau et Jean-Philippe Warren (dir.), Violences politiques. Europe et Amérique, 1960-1979, Lux, 2013.
Martin Pâquet, Matteo Sanfilippo et Jean-Philippe Warren (dir.), Le Saint-Siège, le Québec et l’Amérique française. Les archives vaticanes, pistes et défis, Presses de l'Université Laval, 2013.
Jean-Philippe Warren et Bruno Dumons (dir.), Les zouaves pontificaux en France, en Belgique et au Québec. La mise en récit d'une expérience historique transnationale (XIXe-XXe siècle), Peter Lang, 2015.
Jean-Philippe Warren (dir.), Les soldats du Pape. Les zouaves canadiens entre l'Europe et l'Amérique, Québec, Presses de l'Université Laval, 2015.
Articles et chapitres d’ouvrage (sélection)
« Guerre et paix chez les Canadiens français du Québec et les Franco-Américains au temps de la Crise de la Conscription », Histoire, économie & société, vol. 36, no 4, , p. 72-86 (lire en ligne)
« L’effacement de la sociologie le playsienne au profit de la sociologie ‘‘doctrinale’’. Sociologie et catholicisme au Canada français », Archives de sciences sociales des religions, vol. 179, no 3, , p. 89-110 (lire en ligne)
avec Marie-Pier Luneau, « D’amour et d’or pur. Les impératifs matérialistes du bonheur amoureux dans le roman sentimental québécois de l’après-guerre », Études françaises, vol. 58, no 1, , p. 33-53 (lire en ligne)