Après avoir obtenu son diplôme, il déménage à Los Angeles et devient assistant de production de Robert Zemeckis, travaillant sur de nombreux films[2].
Après avoir travaillé avec Zemeckis, il accepte un poste de rédacteur adjoint pour le scénariste-réalisateur David O. Russell. Après un an et demi de collaboration, un accident de voiture mineur blesse l'un de ses yeux. En partie pour garder le moral et passer le temps pendant son rétablissement, Russell discute d'idées d'histoire avec lui et ils finissent par collaborer sur quatre scripts[2].
L'un de ces quatre scripts est J'adore Huckabees (I Heart Huckabees), que Russell réalise en 2004. Dans le même temps, Baena oriente sa carrière sur l'écriture et il écrit la comédie zombie Life After Beth, qui sera son premier long métrage en tant que réalisateur[2].