En 1998, leur société est engagée par Marvel Comics pour relancer certains personnages en perte de vitesse sous le label Marvel Knights. Joe Quesada dessine lui-même Daredevil volume 2, scénarisé par le réalisateur Kevin Smith.
Il est rédacteur en chef des éditions Marvel Comics de 2000 à 2010, Axel Alonso le remplace à partir de , Quesada continue à scénariser certains projets, comme NYX ou Daredevil : Father.