Son œuvre compte également de la musique sacrée destinée au culte, mais seulement 33 de ses 235 œuvres de ce genre nous sont parvenues. Plusieurs, encore à l'état de manuscrits, ont été détruites dans un incendie en 1757, pendant la Guerre de Sept Ans. Les 33 œuvres connues sont les suivantes :
Cantatas
Toutes sont pour 4 voix et instruments d'accompagnement, sauf indications contraires.
Confitebor tibi Domine (1686)
Danket dem Herrn (1687)
Danksaget dem Vater (1688)
Der Herr ist mein Licht, 2v (s.d.)
Dies ist der Tag (1687)
Dominus illuminatio mea, 1v (1690)
Frohlocket Gott in allen Landen (before 1717)
Gelobet sey der Herr (1698)
Gott ist unser Zuversicht (s.d.)
Halleluja, lobet den Herrn (1685)
Nun dancket alle Gott (1717)
Rühmet den Herrn (s.d.)
Sulamith, auf, auf zum Waffen, 5v (1717)
Zion jaucht mit Freuden, 1v (s.d.)
Motets
Also hat Gott die Welt geliebet (1717)
Delectare in Domino (1717)
Ihr Feinde weichet weg (1717)
In te Domine speravi, 1v
Laudate Dominum omnes gentes, 5v
Laudate pueri Dominum, 3v
Magnificats et fragments de messes
2 Magnificats, 4v
5 Sanctus, 2 à 4v
Lieder et arias
Il est également le compositeur d'un recueil de chansons sacrées et profanes pour une à quatre voix :
Neue musicalische Ergetzligkeit, Frankfurt et Leipzig (1684)
Première partie : 30 chants sacrés
Deuxième partie : 34 lieder profanes
Troisième partie : Arias tirés de Singspiels
Les arias sont tirés de Singspiels aujourd'hui perdus.
On connaît en outre 19 chansons de circonstances, publiées à l'unité dans divers recueils entre 1684 and 1697, et au moins un lieder profane supplémentaire.
Musique instrumentale
Sonata à 5 en la mineur pour 2 violons (ou hautbois, ou flûtes), 2 altos, violone (ou basson) et basse continue, tirée d'un manuscrit de Charles Babel (1696)
Enregistrements
2008 : Harpsichord Recital (Musicaphon) : enregistrement 5 pièces pour le clavecin par Claudia Schweitzer
2009 : Johann Krieger : Ich habe mein Liebgen im Garten gesehen (CPO) : enregistrement de 16 lieder et arias du recueil Neue Musicalische Ergetzligkeit par Jan Kobow, Julia von Landsberg et United Continuo Ensemble
2012 : Himmels-Lieder (Christophorus) : enregistrements du lied Gedancken eines Sterbenden par Franz Vitzthum et le Capricornus Consort de Bâle
2020 : Complete Harpsichord and Organ Music (Brillant Classics) : enregistrement de 38 pièces pour le clavecin et l'orgue (2 CD) par Alejandro Casal.