En 1625 la peste anéantit sa famille dont il ne reste que son frère Thomas et sa mère qui se remarie avec John Elletson (1580-1626) puis avec Richard Yearwood (1580-1632).
Le il disparaît de la tuberculose à l'âge de 30 ans et repose depuis à Charlestown. Sans enfants, il lègue alors par testament la moitié de sa fortune (780 Livres sterling) et l’intégralité de son importante bibliothèque de 400 volumes à l'université (qui débute avec 9 élèves et 1 professeur, le jésuite Nathaniel Eaton) ce qui fait de lui le premier généreux donateur historique de cette institution. En 1639 l'université est rebaptisée « Harvard » en son honneur.
