De 2006 à 2008, Jon Garate court dans l'équipe Caja Rural. Il rejoint ensuite le club basque Bidelan-Kirolgi en 2009. Bon grimpeur, il s'impose sur le championnat du Guipuscoa[1],[2].
En 2011, il se distingue en réalisant sa meilleure saison chez les amateurs. Il devient champion du Pays basque en ligne à Bergara[3],[4] et réalise de nombreuses places d'honneur dans le calendrier amateur régional ou en Coupe d'Espagne. En mai, il est sélectionné par José Luis de Santos pour participer au Tour des Asturies, sous les couleurs d'une sélection nationale espagnole[5].
