À l'issue de la saison 2012-2013 de Pro B, Jonathan Rousselle arrive second au vote pour le titre de MVP français et de meilleure progression du championnat de Pro B, à chaque fois derrière son coéquipier Mouhammadou Jaiteh[2]. Il est considéré comme l'un des plus grands joueurs du SOM Boulonnais à la suite de la saison 2012-2013.
À la fin de la saison, encore sous contrat avec Gravelines-Dunkerque, il intéresse Le Havre[4] mais s'engage avec Cholet[5].
Après 4 saisons à Cholet Basket, il annonce son départ du club à la fin de la saison 2017-2018, et ce juste après l'ultime match remporté sur son tir au buzzer face au Mans Sarthe Basket[6]. Il part pour un autre club de Pro A, le Limoges CSP où il retrouve son ancien coéquipier, Mouhammadou Jaiteh.
Le , il s'engage avec le club espagnol de Bilbao[7].
Équipe de France
Le , Jonathan Rousselle fait partie de la liste des seize joueurs pré-sélectionnés pour l'équipe de France A' pour effectuer une tournée en Chine et en Italie durant le mois de juin[8].