Il était le fils de Jacques Boniface, seigneur de la Môle et de Colobrières et originaire de la ville de Marseille, et de Marguerite de Pontevès. D'après certaines rumeurs, il aurait été l'amant de la reine Marguerite et aussi du prince François.
Le pamphlet protestant Le Divorce satyrique (1607) prétendit que Marguerite emporta la tête de son amant après l'exécution, la fit embaumer et la conserva dans un cabinet derrière son lit à l'Hôtel de Nesle. On raconte aussi que Marguerite fit ensevelir le corps de son amant dans l'actuelle rue Yvonne-Le-Tac[1].
Alexandre Dumas s'est inspiré de la vie de ce personnage qui devient Lerac de La Mole dans le roman La Reine Margot.
Stendhal également dans son roman Le Rouge et le Noir. Julien Sorel, le héros, travaille pour le marquis de La Mole, descendant de Joseph Boniface de La Môle (dont l'histoire de la mort est racontée dans le livre II, chapitre X). Par ailleurs, à la fin du roman, après l'exécution de son amant Julien Sorel, Mathilde de La Mole, censée reproduire le geste de la maîtresse de son ancêtre, emporte la tête coupée de Julien avec elle.