Joseph Nguyễn Chí Linh naît et est élevé dans une famille catholique à Ba Lang dans une époque troublée (contexte de la guerre d'Indochine). Il poursuit ses études au petit séminaire de Nha Trang (1962-1967), puis en pleine guerre du Vietnam au collège de la Providence divine de Hué (1967-1968), au collège du Bon Pasteur de Nha Trang (1968-1970) et enfin au collège pontifical de Dalat au Sud-Vietnam (1970-1977).
La prise de pouvoir communiste en 1975 sur le Sud Vietnam et la politique répressive à l'encontre de l'Église catholique l'obligent à retourner vivre chez ses parents et à se trouver un emploi civil pendant quatorze ans, tout en collaborant à la paroisse de Song My. Il ne reçoit qu'en 1992 la permission des autorités politiques de pouvoir accéder à la prêtrise. Il est ordonné prêtre le et incardiné au diocèse de Nha Trang. Il travaille pendant trois ans comme vicaire à Phuoc Thien (1992–1995). De 1995 à 2003, il étudie à l'Institut catholique de Paris, où il reçoit son doctorat de philosophie.
Il rentre dans sa patrie en . Il est nommé professeur au grand séminaire de Nha Trang. Il est nommé évêque de Thanh Hóa le par Jean-Paul II et consacré le suivant[1].