Elle développe ensuite ses propres projets et signe sa première chorégraphie XX en 2001 puis XX with Alice en 2002[2]. Julie Nioche collabore également à des projets communs avec Rachid Ouramdane au sein de la compagnie Fin Novembre qu'ils codirigent de 1996 à 2006.
Elle cofonde ensuite, en 2007, la compagnie A.I.M.E (pour Association d'individus en mouvements engagés)[3]. Certains de ses spectacles, comme Nos solitudes, ont parfois été rapprochés des arts du cirque et de la performance[4]. En 2011, Julie Nioche et sa compagnie sont en résidence au Cent Quatre à Paris[5]. Depuis 2008, elle a été artiste associée ou en résidence avec A.I.M.E. dans différents lieux : Le Vivat à Armentières, Le Manège de Reims, Le Forum au Blanc-Mesnil, L'Échangeur à Château-Thierry, Le Bateau feu à Dunkerque. En 2014-2015 elle est associée au projet Résodanse (au bout du monde!) rassemblant différents lieux du Nord-Finistère.