Il s'intéresse particulièrement au hocket, à la musique de la Grèce antique ainsi qu'aux fortes différences de timbre instrumental, ce qui se reflète dans ses compositions. La version de chambre de sa composition Sight Rhythmics de 1975 reflète ce dernier intérêt dans son instrumentation inhabituelle de violon, banjo, steel drum, piano électrique et tuba par exemple, mais après un an à New York cependant, l'influence de John Cage et Morton Feldman devient plus apparente dans le style de Kondō. Son opéraHagoromo, tiré d'une pièce nō et donné en première à Florence en 1994 est l'unique cas où sa musique mêle les techniques occidentales avec les traditions orientales.
Ses compositions ont été enregistrées sur les labels Hat Art, ALM, Fontec et Deutsche Grammophon. Ses partitions sont publiées par les éditions musicales de l'université d’York et Edition Peters.
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