Après la guerre, Karl Menninger est rejoint par son frère William C. Menninger et par Karl Targownik. Il joue un rôle central dans la création du Winter Veterans Hospital de Topeka, traitant les vétérans de la Seconde Guerre mondiale. Cette institution devient l'une des plus importantes pour la formation en psychiatrie aux Amériques. Il y accueillera notamment, parmi les francophones, Georges Devereux, Henri Ellenberger et Louis Mars.
Apports scientifiques
Son travail contribue à faire admettre que les personnes souffrant de troubles psychiatriques sont des personnes seulement un peu différentes des personnes saines pour lesquelles des traitements existent. Il expose par la suite que certains actes criminels, chez des personnes susceptibles de les commettre, peuvent être prévenus par des traitements adaptés et que le principe de « punition » est inadapté à certaines pathologies[1].