Élu en 2002 membre du gouvernement jurassien, il dirige durant son premier mandat de 2003 à 2006, le département de l’Environnement et de l’Équipement. Réélu pour un second mandat en , Laurent Schaffter conserve son département pour la législature 2007-2010 et préside le gouvernement en 2007.
Lors des élections au gouvernement jurassien le , il est placé en deuxième position au premier tour, mais termine au second tour dernier des candidats à plus de 1 000 voix du dernier élu.