En , Pierre-Karl Péladeau, alors président de Quebecor Media qui est propriétaire du Réseau TVA, à la suite du sketch « Séraphin Péladeau, un homme et ses péchés »[5] diffusé dans l'émission de fin d'année Ceci n'est pas un Bye-Bye, résilie le contrat de Louis Morissette qui devait animer dix épisodes de l'émission de téléréalité Pour le meilleur et pour le pire[6]. À la suite de cet incident, plus de 40 artistes signeront une lettre ouverte dénonçant cette « ingérence sans précédent »[7]. La Société des auteurs de radio, télévision et cinéma, l'Union des artistes et le Regroupement des syndicats de Québecor se joindront également à ce mouvement d'indignation[8].
La même année, il met fin à son contrat d'animateur de l'émission VIP après une seule diffusion en octobre à Radio Canada.
En 2007, il reçut avec Véronique Cloutier une nomination aux Prix Gémeaux pour la meilleure interprétation humour pour la série télé Les Morissette, série de fiction relatant sa vie en famille.
De 2006 à 2011, il écrit, co-produit et joue dans une série télé intitulée C.A., diffusée à Radio-Canada. Cette émission présente une réunion hebdomadaire de quatre amis qui ont été diplômés ensemble aux HEC. C'est notamment après la diffusion de cette émission que Louis Morissette aura l'idée de fonder le Groupe KO quelques années plus tard[9].
En 2009, il s'excuse publiquement pour le fameux Bye Bye, qui a choqué plusieurs québécois[10].
Au printemps 2010, il conçoit et co-produit le talk-show Le Verdict sur les ondes de Radio-Canada. La série fait l'objet d'un intérêt certain sur le marché international.
En 2011, il reçoit, au Gala des prix Gémeaux, le trophée du spécial humoristique de l’année pour le Bye Bye 2010[11]. Il produit, écrit et joue dans le Bye Bye (2010, 2011, 2012, 2013).
KOTV
En 2011, il fonde sa propre compagnie de production (avec le réalisateur Alain Chicoine et le producteur Louis-Philippe Drolet), KOTV qui produira notamment le Bye Bye 2012, la série humoristique Les Détestables (V télé), le magazine La télé sur le divan (Radio-Canada), la comédie à sketchs Et si... (V télé), 1res fois, Les Appendices, ALT, Passion poussière, Une étape à la fois, C'est ma toune, Les Simone, La Maison-Bleue, Entre deux draps, Esprit critique, Plan B, Conseils de famille, Les Coulisses du palais, Les Magnifiques, Les Boucardises, Med et plusieurs autres.
KOTV compte maintenant 4 branches: KOTV (télé), KO24 (films), KOSCÈNE (spectacles) et KO MÉDIA/KO ÉDITIONS (magazines et livres).
Entre 2005 et 2007, Louis Morissette est le porte-parole d'une campagne organisée par l'organisme La Tablée populaire afin de fournir des repas aux écoliers démunis de Drummondville.
Il est, de 2012 à 2017, le porte-parole au Québec des restaurants familiaux Boston Pizza.
Il est président-fondateur, avec sa conjointe, de la Fondation Véro et Louis lancée en .
