À l'âge de 17 ans, il est envoyé en Allemagne pour parfaire son éducation dans diverses cours allemandes.
Après la mort de son père en 1559, il rentre au Danemark pour le couronnement de son frère aîné Frédéric II de Danemark.
Évêque
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En 1560, l'évêché d'Ösel-Wiek est vendu au Danemark par le prince-évêque Johann von Münchhausen et Magnus, quoique luthérien, en devient le titulaire le . Il devient également évêque d'une partie de l'île d'Ösel et évêque de l'Courlande.
Roi de Livonie
Le royaume de Livonie est proclamé le par Ivan IV, mais il n'a aucune autre reconnaissance internationale que celles de la Russie et du Danemark. Ce royaume couvre en principe les territoires actuels de l'Estonie et de la Lettonie.
En 1577, ayant perdu la faveur du tsar Ivan IV, il se retourne vers son frère, Frédéric II, qui lui refuse son soutien. Magnus se tourne alors vers la noblesse germano-balte de Livonie, mais il est finalement capturé par les Russes et doit renoncer à son titre royal.