Lequi commence sa carrière à Rosario Central, le club de sa ville natale. Il rejoint ensuite River Plate, où il remporte le championnat de clôture en 2002 et 2003, participant par la même occasion à la Copa Libertadores. En Copa Libertadores, il inscrit un but contre l'équipe colombienne d'América Cali, le , lors des quarts de finale de cette compétition[1].
En 2003, il part en Europe, à l'Atlético Madrid. Il fait ses débuts en championnat d'Espagne le [2], et ne manque que quatre matchs de championnat dans la saison, avec 34 matchs disputés sur 38[3].
L'été suivant, Lequi est prêté en Italie, à la Lazio Rome[4], mais il ne joue que 6 matchs en Serie A, et 3 en Coupe Intertoto[3]. À son retour en 2005, il est prêté au Celta de Vigo, promu en Liga. Il retrouve une place de titulaire au sein d'une équipe qui termine à la sixième place. Il marque notamment face au Real Madrid[5] et face à son ancien club, l'Atlético[6].
Le Celta obtient en fin de saison le transfert définitif du joueur, qui signe un contrat de quatre ans[7]. Lequi dispute 8 matchs en Coupe de l'UEFA avec le Celta lors de la saison 2006-2007[3]. Mais l'équipe est reléguée à l'issue du championnat 2006-2007, et ne parvient à remonter l'année suivante, alors que le joueur reçoit quatre cartons rouges dans la saison[8]. Il est libéré de son contrat en [9], après un total de 80 matchs joués en championnat avec cette équipe[3].
Lors de l'été 2011, il décide de revenir en Argentine et retrouve son club formateur, qui évolue en deuxième division. Il y obtient immédiatement une place de titulaire, prenant part à 31 matchs de championnat en 2011-2012[3]. Il joue ensuite au Club Atlético All Boys, en première division, avant d'être transféré au Paraguay, en faveur du Club Sportivo Luqueño. Il inscrit 8 buts dans le championnat du Paraguay[3], puis retourne ensuite en Argentine, pour jouer avec les clubs d'Aldosivi et de Sarmiento.