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Fille de Larry Ellison, vice-président d'Oracle Corporation et sœur du producteur de cinéma David Ellison[2], elle fait ses premiers pas dans la production en 2007 avant d'être nommée à la production associée de True Grit en 2010. Elle fonde sa propre société Annapurna Pictures en 2011[3] et, au festival de Cannes 2012, annonce la création du distributeur Panorama Media[4], chargé des ventes internationales des productions Annapurna telles que Zero Dark Thirty, Foxcatcher, Her et, vraisemblablement, les deux suites à Terminator depuis qu'Ellison a racheté les droits de la franchise à Pacificor, une société de rachat de crédit, qui détenait les droits depuis . Lors de la remise en vente des droits, à partir du jeudi , Megan Ellison et Lionsgate se sont affrontés férocement pour devenir le nouveau détenteur des droits. Megan Ellison les a récupérés pour 20 millions de dollars. Les droits reviendront d'office à James Cameron en 2018.