Mayr est né à Adlwang en Haute-Autriche. Il étudie l'histoire et la géographie à l'université de Vienne et obtient un doctorat en 1890. De 1897 à 1920, il est le directeur des archives fédérales du Tyrol (Tiroler Landesarchiv). En 1900, il devient professeur d'histoire contemporaine à l'université d'Innsbruck.
Avec l'éclatement de la monarchie danubienne à la fin de la guerre, Mayr soutient d'abord les revendications d'indépendance du Tyrol. En 1919 et 1920, il est délégué du Parti chrétien-social à l'Assemblée nationale pour la rédaction de la nouvelle Constitution. Le chancelier d'État (Staatskanzler) Karl Renner le nomme secrétaire d'Etat, avec effet du .
W. Lazius als Geschichtsschreiber Österreichs, 1894 (« Wolfgang Lazius as Austrian Historian »).
« Der Generallandtag der österreichischen Erbländer in Augsburg 1525/26 », in : Zeitschrift des Ferdinandeums 3(38), 1894 (« The General State Parliament of the Austrian Hereditary Lands in Augsburg, 1525-26 »).
Erinnerungen an A. Hofer, 1899 (« Memories of A. Hofer »).
Die Beziehungen Deutschlands zu Italien, 1901 (« The Relations of Germany with Italy »).
Der italienische Irredentismus: Sein Entstehen und seine Entwicklung vornehmlich in Tirol, 1917 (« Italian Irredentism: Its Origins and Development Primarily in Tyrol »).
