La microfaune, désigne l'ensemble des tout petits animaux (inférieurs à 0,2 mm) présents dans un espace donné.
La plus grande partie de la microfaune n'est visible qu'à la loupe, à la loupe binoculaire ou au microscope. En dépit de sa discrétion, elle joue un rôle fondamental pour la formation et l'évolution des sols et des sédiments, ainsi que pour la décomposition du bois mort et des cadavres animaux. Elle joue ainsi un rôle majeur dans la minéralisation de la matière organique, le cycle du carbone et de nombreux grands cycles biogéochimiques[1].
La microfaune est notamment vulnérable à la destruction de son milieu (par le labour ou la déforestation[3] par exemple) et à l'exposition à la lumière et aux UV solaires. La granulométrie du substrat et du sédiment influent sur la microfaune et inversement[4].
Pour sa valeur bioindicatrice, elle a été très étudiée, notamment dans les années 1930 à 1960 par milieu, par grande zone tempérée et tropicale[5] ou encore à l'échelle d'un pays[6].
La microfaune tient une place importante dans le réseau trophique ; elle est notamment une importante source de nourriture pour les poissons et les oiseaux[7]
Catégories de microfaunes
Ce terme est souvent associé à la litière végétale de feuilles, racines, écorces[8] et petits bois-mort, forestière notamment[9], et donc à la flore sus-jacente)[10] ainsi qu'au sol sous-jacent (microfaune édaphique[11]), mais les naturalistes catégorisent également la microfaune par époque géologique (ex. : « microfaune crétacée »[12], par type de faune (exemple microfaune annélidienne[13]) ou selon sa profondeur (ex. : « microfaune endogée »[14],[15]). Ils parlent aussi et par exemple de :
« paléomicrofaune », dans le cas des études de fossiles[28] ;
« microfaune du tube digestif » (le mot « microfaune » est parfois employé pour désigner une partie des organismes du rumen ou du tube digestif, les ciliés, par exemple[29],[30])...
Une partie de cette faune n'est pas observable à l’œil nu ou n'est pas directement accessible à l'observation (ex. microfaune des grands fonds).
Des méthodes spécifiques d'échantillonnage[35] et d'évaluation qualitative et quantitative[36] ou génétiques (ex. : métabarcoding récemment) ont peu à peu été mises au point par les naturalistes et scientifiques. Dans le sédiment fin c'est par exemple le carottage qui est le plus utilisé[37]
Pédofaune
La microfaune du sol, ou pédofaune microscopique, désigne l'ensemble des tout petits animaux présents dans la litière et dans les couches superficielles de l'humus. Ces animaux mesurent en moyenne moins de 0,1 mm.
La microfaune fossile est très utilisée (quand elle est disponible) pour préciser la stratigraphie de couches explorées par les archéologues ou paléontologues[41], Chaline, J. (1971). La microfaune du Vallonnet (AM) et le problème des corrélations micro-macromammifères à la limite Pléistocène inférieur-moyen. Bulletin du musée d’Anthropologie préhistorique de Monaco, 17, 65-69..
Notes et références
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