Il consentit à être l'instrument de la politique espagnole au Portugal, et s'attira ainsi un tel mécontentement qu'il se forma une conspiration contre lui : les conjurés, ayant à leur tête João Pinto Ribeiro, pénétrèrent jusque dans sa chambre au palais royal et le tuèrent, le . Le peuple déchira son corps et le traîna dans les rues de Lisbonne : avec lui finit la domination espagnole, la maison de Bragance étant alors montée sur le trône de Portugal.